Indien de deelnemingsvrijstelling van toepassing is, zijn verliezen die verband houden met de deelneming in beginsel niet aftrekbaar. De niet aftrekbaarheid van verliezen is de logische keerzijde van de vrijstelling van winsten. De wetgever heeft op deze regel echter twee uitzonderingen toegestaan.
De eerste uitzondering ziet op liquidatieverliezen. Een verlies dat wordt geleden ten gevolge van ontbinding van de deelneming is onder bepaalde voorwaarden aftrekbaar. De belangrijkste voorwaarden waaraan moet zijn voldaan zijn dat geen recht op tegemoetkoming moet bestaan voor de fiscale verliezen van de deelneming en dat sprake moet zijn van "echte" staking van de onderneming van de deelneming.
Indien de onderneming van de deelneming geheel of gedeeltelijk wordt voortgezet door de moedermaatschappij of een met de moedermaatschappij verbonden lichaam is het verlies in beginsel niet aftrekbaar. Additionele voorwaarden zijn gesteld met betrekking tot de berekening van het aftrekbare verlies en het moment van verliesneming.
De tweede uitzondering ziet op afwaarderingsverliezen in de eerste vijf jaren na acquisitie van een deelneming. Dit is echter in de meeste gevallen een tijdelijke tegemoetkoming; de fiscale aftrek van het verlies zal na het verstrijken van de vijf jaars periode geleidelijk weer moeten worden teruggedraaid, tenzij het verlies door liquidatie van de deelneming permanent wordt.